Однажды старшеклассница Хаясэ Нагаторо вместе со своими друзьями обнаружила рисунки Наото Хатиодзи. С тех пор она издевается над робким парнем, заставляя его делать всё, что ей нужно. Тем не менее, со временем Наото понимает, что он не ненавидит Хаясэ, и между ними возникает странная дружба.

Сатоси вместе с верным Пикачу, матерью и профессором Окидо путешествует на полуостров Иссю – тропический рай мира Покемонов. Сразу после прибытия герои привычно отбились от козней Ракетной банды, но попали в странный феномен – грозовое облако, в котором мелькнула тень Легендарного покемона Зекрома.